العرفان العلمي يهتم ببيان ما ينبغي أن يفعله الإنسان و ما ينبغي أن يتركه . فالعرفان العملي من هذه الجهة يشابه علم الأخلاق , و أهم الفوارق بين العرفان العملي و علم الأخلاق هي :
1- يعتقد العرفاء بوجود صراط حقيقي يسير عليه الإنسان في سيره و سلوكه إلى الله تعالى , و لذا فالعرفان العملي يهتم ببيان مرحلة البداية و المنازل و المراحل التي يمر بها الإنسان في سلوكه إلى أن يصل إلى الله تعالى . إذن هنا ترتيب بين المنازل و المراحل و لا يمكن الوصول إلى المنزل اللاحق بدون المرور بالمنزل السابق. وأما في علم الأخلاق فليس هناك ترتيب يذكر بين الصفات فأنت بالخيار بين البدء بالشجاعة أو الكرم أو الزهد أو غير ذلك .
2- يهتم العرفان العملي ببيان ماذا يجري على السالك من أحوال و ماذا يرد على قلبه من واردات . و بذلك تكون العناصر الروحية العرفانية أوسع بكثير و أعم من علم الأخلاق , أما العناصر الروحية الأخلاقية فهي محدودة بمعان و مفاهيم معروفة غالباً .
3- يعتقد كثير من العرفاء بعدم إمكان أن يسلك الإنسان تلك المراحل إلا تحت إشراف و مراقبة إنسان كامل ناضج قد قطع هذا الطريق و اطلع على رسومه و معالمه و مخاطره , و يسمون ذلك بـ ( طائر القدس ) أو ( الخضر ) . قال أحدهم :
فيا " طائر القدس " اصحبني في سفري *** فأنا سالك مبتدئ و السفر بعيد